Mientras se divierten en Maga Mountain, su parque de atracciones favorito, los tres hermanos ninja son testigos del secuestro de una estrella de la TV, Dave Dragon, por el malvado Lothar Zogg y su jefa Medusa, que odia a los niños. Los ninjas tienen que contraatacar cuando los hombres de Medusa invaden el parque y exigen al dueño diez millones de dólares. Cuarta y última entrega de la saga iniciada en 1992 con la película "3 pequeños ninjas".

Tras un tremendo tiroteo, un misterioso desconocido (Van Damme) llega a un hospital herido, al borde de la muerte. Allí le atenderá Suzanne (Autumn Reeser), una enfermera. Tras él, una banda de asesinos fuertemente armados asaltan el lugar con la intención de acabar con él definitivamente.

Colt, Rocky y Tum Tum están dispuestos a pasar otro verano de aventuras y acción con el abuelo. En una de sus visitas a la pizzería del barrio defenderán a Jo, una joven procedente de un reserva india. Ésta les contara los planes de un ambicioso millonario dispuesto a envenenar a millones de indios, para hacerse rico. Tercera entrega de la saga iniciada en 1992 con la película "3 pequeños ninjas".

Los Angeles se ha convertido en un campo de batalla entre dos bandas callejeras, sumergida en disparos, odio y venganza. El pacto de tregua, se ha roto. Y sólo un chico conoce la razón... y por ello su vida está en peligro. Jeff Speakman, un valioso ex policía, se verá involucrado en este asunto y lo que va a descubrir no será nada agradable. Una organización, liderada por un oficial altamente condecorado, ha tramado estos disturbios para cometer el mayor robo jamás visto y hacer que los culpables parezcan los chicos de la calle....

Los tres pequeños Ninjas siguen a su abuelo hasta Japón en esta aventura de artes marciales. Perseguidos por un trío de ladrones torpes y descerebrados, y por un ejército de ninjas perfectamente entrenados, Rocky, Colt y Tum Tum tendrán grandes problemas para escapar... Segunda entrega de la saga iniciada por "3 pequeños ninjas" en 1992.